A jövedéki termékek egy részénél az áfa adómértékének csökkenését a jövedéki adók emelésével ellensúlyozzák. Az alkoholtermékek jövedéki adó mértéke 192,000 Ft-ról 220,600 Ft-ra emelkedik, a sör adómértéke hektoliterre vetítve Balling- (Plató-) fokonként 420 Ft-ról 505 Ft-ra, míg a pezsgő adómértéke 9,120 Ft-ról 11,400 Ft-ra emelkedik, a köztes alkoholtermékeké pedig 13,220 Ft-ról 17,600 Ft-ra.
A dohánytermékek tekintetében, az Európai Unió által előírt minimális adómértékhez közelítve, nagyobb mértékű az emelés, mint amit az áfa-kulcs csökkentése indokolna. A cigarettára 6,880 Ft / ezer darab és 27% lesz a kiskereskedelmi árra kivetett adómérték, a minimális adó összegét pedig 12,630 Ft-ra emelik ezer darabonként. A finomra vágott fogyasztási dohányok esetében a cigarettáéhoz igazított emelésre kerül sor, az egyéb dohánytermékeknél pedig bevezetésre kerül az adóminimum és szintén emelkedik az adómérték.
A szőlőbor adómértéke a fenti emelésekkel szemben 0 Ft-ra csökken, az egyéb borok adómértéke marad 8,000 Ft hektoliterenként. Az adómérték 0 Ft-ra csökkentése miatt a szőlőborra nem kell adóbevallást benyújtani, illetve jövedéki engedélyes kereskedelméhez nem lesz szükség jövedéki biztosítékra.
A szőlőbor belföldi szállításakor borkísérő okmányt kell alkalmazni a TKO helyett, illetve előállítása és tárolása, mennyiségtől függetlenül egyszerűsített adóraktárban végezhető. Boradóraktári engedélyt a továbbiakban csak a nem szőlőborokra kell kérni.
Az ásványolajtermékek adómértéke bizonyos gázolajok esetében 90,000 Ft-ról 93,000 Ft-ra emelkedik, illetve az üzemanyagok adómérték alá történő besorolásában ezentúl szerepet játszik a bioetanol tartalom is, mivel 4,4%-nál alacsonyabb bioetanol tartalom esetében magasabb adómérték érvényesül majd.
Csak adóraktárban előállítható ásványolajtermék lesz a biodízel, illetve az üzemanyag-adalékok és a biodízel kiszereléstől függetlenül megfigyelt termékekké válnak. Üzemanyagadalékot és biodízelt EU tagállamból az adóraktár-engedélyesen és a felhasználói engedélyesen kívül a bejegyzett / nem bejegyzett kereskedő és a Közösségi kereskedelmi tevékenység folytatására jogosult kereskedő is behozhat. A bioüzemanyagokra vonatkozó adókedvezmény (a bioetanolhoz hasonlóan) csak az Európai Unióban előállított alapanyagból gyártott termékeknél lesz érvényesíthető. Mivel 2010-re a bioüzemanyagok részarányának el kell érnie a 4%-ot, az adó-visszaigénylésre vagy levonásra jogosító bioüzemanyag mennyiségének éves növekményét 0,25%-ról 0,5%-ra emelik (2005-ben 2% volt a visszaigénylésre vagy levonásra jogosító mennyiség).
A kedvezmény azonban az eddigi 2010 helyett az ETBE esetében csak a 2007. június 30-ig, a biodízel esetében a 2007. december 31-ig szabadforgalomba bocsátott mennyiség után vehető igénybe. 2007. január 1-jétől elektronikus úton, a vámhatósággal létesített közvetlen számítógépes kapcsolati rendszerben kell megküldeni az adóraktárból kiszállított jövedéki termékek (kivéve a szőlőbor) kísérő okmányait (TKO, EKO). A közvetlen elektronikus kapcsolat kiépítése az adóraktári engedély kiadásának feltétele lesz.